2002年5月24日5时34分，习仲勋因病医治无效，在北京逝世，享年89岁。
中共中央在《习仲勋同志生平》中称赞习仲勋是“中国共产党的优秀党员，伟大的共产主义战士，杰出的无产阶级革命家，我党、我军卓越的政治工作领导人，陕甘边区革命根据地的主要创建者和领导者之一”，并作出如下评价：
“习仲勋同志在76年的革命生涯中，对共产主义具有坚定信念，对党和人民、对无产阶级革命事业无限忠诚。他虽几经坎坷，身处逆境，但百折不挠，奋斗不息，他始终坚定地与党中央三代领导集体在政治上保持一致，坚持执行党的基本路线。他孜孜不倦地学习马克思主义，善于运用马克思主义的立场、观点、方法，敏锐地发现问题，解决问题。在关系党和国家前途命运的关键时刻和重大问题上，他坚持原则，立场坚定，旗帜鲜明，把党的利益放在第一位，具有共产党员的坚强党性，为革命和建设事业呕心沥血，鞠躬尽瘁。 ”
习仲勋不仅是陕甘边区革命根据地的主要创建者和领导者之一，也是我国改革开放事业的主要开拓者和推动者之一，而贯穿他一生的伟大精神就是实事求是。
2005年5月24日，在习仲勋逝世三周年之际，他的骨灰从北京八宝山革命公墓移回家乡陕西富平县安放。关中大地是他革命的起点，也是他一生都在牵挂的地方。那天，关中的许多父老乡亲从四面八方赶来，自发地肃立在道路两旁，迎接习仲勋的英灵返回故乡。
多年以后，人们在中央电视台播出的文献纪录片《习仲勋》中看到了这样的情景：载着习仲勋英灵的车队驶进富平，时任中共浙江省委书记习近平抱着父亲覆盖着党旗的骨灰盒，默默注视着窗外肃立在道路两旁的乡亲们。特写镜头中，人们甚至可以看见习近平与亲属们眼中满含着热泪。
习仲勋魂归故里的这一幕，随着纪录片的热播，长久地留在了中国人民的记忆中。“为甚么我的眼里常含泪水，因为我对这土地爱得深沉！”艾青的诗句道出了中国人敬仰先贤、热爱脚下这片土地的伟大情感。
翠柏环绕、四季长青的墓园里，矗立着习仲勋的雕像，雕像背面镌刻着习仲勋夫人亲笔录写的“战斗一生，快乐一生；天天奋斗，天天快乐”。
这是习仲勋的座右铭，也是他留给后人的宝贵精神财富。
65岁南下主政广东
叶剑英向华国锋和刚刚担任中共中央组织部部长的胡耀邦提议，让习仲勋到广东工作。很快，65岁的习仲勋肩负起为祖国“把守南大门”的历史重任。广东是“文革”的重灾区，原本“毗邻港澳，华侨众多”的优势已变为劣势，海外关系变成了“黑关系”，受损的不单单是经济发展，沿海一带偷渡外逃风更是愈演愈烈。等待习仲勋的，确实是一副很不轻松的担子。
习仲勋上任仅一个星期， 81岁高龄的叶剑英就回到广东视察。在听取习仲勋的工作汇报后，叶剑英以六言相赠：“深入调查研究，稳妥制定计划，及时报告中央，按步执行实施，分清轻重缓急，注意保密安全。 ”图为习仲勋在机场迎接叶剑英委员长到广东视察
1980年 1月，习仲勋兼任广州军区第一政委。在他推动下，广州军区一些“文革”冤假错案得以很快平反。作为广州军区第一政委，他身体力行，与先后担任广州军区司令员的许世友、吴克华坦诚相见，相处融洽。许世友个性鲜明，常常以酒论英雄。第一次会面，许世友就想给习仲勋一个“下马威”，给自己和习仲勋各倒上三大杯白酒。没想到习仲勋三大杯酒下肚，面不改色，神情淡定，许世友从此对习仲勋刮目相看。图为1979年6月，习仲勋与许世友隔着车窗比试手劲，左为杨尚昆
大刀阔斧平反冤假错案
1979年1月8日至25日，习仲勋主持召开省委四届二次常委扩大会议传达十一届三中全会精神。会上，习仲勋对彻底解决广东“文革”以前的历史遗留问题作了全面部署，就平反冤假错案一口气讲了11个方面的问题。在谈到反右派问题时，他说，广东省应该按照中央指示精神，错多少纠正多少，全部错了的全部纠正，不留尾巴。习仲勋的讲话被一阵阵经久不息的掌声打断，人们后来形容说，这就是岭南真正的春天！习仲勋大刀阔斧地复查平反冤假错案，其中最突出的是“反地方主义”、“李一哲”案和“反彭湃烈士事件”。
标本兼治，遏制“偷渡外逃”狂潮
治理“偷渡外逃”，是广东长期没有解决的老大难问题，也是习仲勋主政广东遇到的一项重大挑战。习仲勋旗帜鲜明地表态：所谓偷渡外逃，不是甚么阶级斗争，都属于人民内部矛盾。香港也是中国的土地，群众生活过不下去，往香港跑，应该叫“外流”，不能叫“外逃”。习仲勋告诉大家，诸如过境耕种土地、让香港资本家进设备采沙石出口、吸收外资搞加工业、恢复边境小额贸易等问题要“说办就办，不要等”。他说：“只要能把生产
搞上去的，就干，不要先去反他甚么主义。他们是资本主义，但有些好的方法我们要学习。”他还进一步鼓励道：“香港市场需要甚么，甚么可以多挣外汇，你们就养甚么、种甚么。”这些话在方苞等人听来真是石破惊天。而这也正是习仲勋此行对治理“偷渡外逃”找寻到的一剂根治的“良方”！在习仲勋和广东省委几番争取之下，中共中央和国务院下发了50号文件，决定在深圳等地试办特区。以此为标志，中国经济特区正式起航，“生产上去了，收入增加了”，“偷渡外逃”风潮随之销声匿迹。
1979年4月8日下午，中央工作会议期间，华国锋和李先念、胡耀邦等人参加中南组讨论。习仲勋在主持讨论时作了系统发言，郑重提出了请中央给广东放权的要求。在谈了经济管理体制存在权力过于集中等问题后，他直截了当地说：“广东邻近港澳，华侨众多，应充分利用这个有利条件，积极开展对外经济技术交流。我们省委讨论过，这次来开会，希望中央给点权，让广东先走一步，放手干。”习仲勋在这次中央工作会议上为“先走一步”而“要权”、提出设立“贸易合作区”的设想，历史地看，这正是随后在广东和福建“两省对外经济活动实行特殊政策、灵活措施”和建立深圳等 4个经济特区的第一声吶喊！
倡建特区，“杀出一条血路”
如何才能“杀出一条血路 ”？习仲勋指出：“在态度上我看要有‘三要 ’和‘三不要 ’：第一，要有决心有信心，不要打退堂鼓；第二，要有胆识，勇挑重担，不要怕犯错误，怕担风险；第三，要有务实精神，谦虚谨慎，不要冒失，不要出风头，不要怕否定自己。特别是我们各级领导干部，拼老命也要把广东这个体制改革的试点搞好。”他还说：“我相信，在中央的领导下，只要我们认真对待，努力工作，50号文件一定能贯彻执行好，我们一定会在经济管理体制改革的试验中，走出一条路子来。” 同时，他语重心长地提醒大家：“当我们开步走的时候，困难会很多，阻力会很大，甚至还可能挨一点骂，要有这个精神准备。 ”1980年 8月26日，第五届全国人大常委会第15次会议通过了《广东省经济特区条例》，深圳等经济特区至此完成了奠基礼。创建经济特区，“杀出一条血路”，无疑是改革开放初期最重要的一个“阿基米得支点”，它撬动了旧的体制，也撬开了历史新的篇章。
高度重视国家法制建设
1953年，习仲勋出任中华人民共和国宪法起草委员会委员，参与了新中国第一部宪法的起草制定工作。他还亲自参与和主持了《行政诉讼法》、《妇女权益保障法》、《未成年人保护法》、《残疾人保障法》等多部法律、条例的起草和审议工作。
习仲勋为推动我国律师制度的健康发展亲力亲为。 20世纪 80年代中期，辽宁台安县三名律师因替一件刑事案件辩护被逮捕。律师的合法权益该如何保障？问题最终反映到全国人大常委会，引起习仲勋等几位副委员长对此案的高度重视。最终，在全国人大常委会的监督和干预下，三名律师被无罪释放。 1988年 3月 26日，《人民日报》头版发表了评论员文章《律师辩护权不容侵犯》。据司法部原部长邹瑜回忆：“仲勋同志找我谈话，他说一定要迅速见报。当时我们起草了新闻稿，第三天就开人民代表大会了，我连夜打电话给《人民日报》总编，我说委员长有指示，在开人民代表大会期间，一定要见报，最好是头版头条。 ”